פרופ' ערן סגל סיים את לימודי התואר הראשון במדעי המחשב באוניברסיטת תל-אביב בהצטיינות (Summa cum laude), ואת לימודי הדוקטורט במדעי המחשב וגנטיקה באוניברסיטת סטנפורד בארצות הברית. שלושה ממאמריו בדוקטורט זכו בפרס המאמר הטוב ביותר בכנסים בין-לאומיים. פרופ' סגל הצטרף כחבר סגל למחלקה למדעי המחשב ומתמטיקה שימושית במכון ויצמן ב-2005, לאחר בתר-דוקטורט עצמאי באוניברסיטת רוקפלר שבניו יורק.