מי יכול ומוסמך לדבר בשם הטבע? למי ניתנת הסמכות לגלות את מסתוריו? ולמי, בסופו של דבר, יש הלגיטימציה לפרשו? עד לראשית העת החדשה התשובה לשאלות אלו הייתה ברורה לחלוטין: התיאולוגיה. מאחר שכתבי הקודש נתפסו כדבר אלוהים, כלומר כספרים שבהם רוח הקודש מגלה את כוונות אלוהים בבריאה וחושפת את הידע על הבריאה, הרי שהקדימות והעליונות ניתנו לשיקולים תיאולוגיים בהסבר תופעות הטבע. התפיסה השלטת הניחה שאלוהים חיבר שני ספרים: כתבי הקודש וספר הטבע (libri naturales) או ספר היצורים הברואים (Liber creaturarum).1 קול אלוהים נגלה לפיכך הן בכתבי הקודש והן בטבע ומפורש על ידי הכנסייה הנוצרית באמצעות הבישופים והתיאולוגים שלה. לכן, במרוצת ימי הביניים הוכתרה התיאולוגיה בתואר "מלכת המדעים" (Regina Scientiarum) או "מדע המדעים" (scientia scientiarum), בעוד שהפילוסופיה הטבעית, או המדע, כונתה "שפחת התיאולוגיה" (philosophia ancilla theologiae). כ"מדע המדעים", התיאולוגיה הייתה שקולה לידיעה (scientia). עליונות התיאולוגיה המשיכה להיות התפיסה השלטת בקרב דמויות חשובות ברנסנס ההומניסטי הנוצרי, כמו למשל דסידריוס ארסמוס שציין ש"התיאולוגיה היא בדין מלכת המדעים".2

טרם התפתחות המדע המודרני במאות ה-16 וה-17 - מדע המבוסס על פילוסופיה ניסויית, שפה מתמטית וסילוק שיקולים דתיים, תיאולוגיים וטלאולוגיים מהסבר פעולת עולם התופעות של הטבע - היסוד לגישה המדעית (Scientia, כלומר ידע, ידיעה) היה מבוסס על מחשבת ימי הביניים, הסכולסטיקה והרנסנס שבהן נחשבה התיאולוגיה כאמור ל"מלכת המדעים" או "מדע המדעים".

הפרק הראשון מתאר את השקפת העולם של ימי הביניים אשר בה עולם הטבע נתפס כמסמל מציאות רוחנית עליונה הנמצאת מעבר לו. בטיפולוגיה זו של הטבע, זה האחרון מבטא את תפארת אלוהים ומשקף אמיתות קדושות ורוחניות. מכאן גם נובעת האמונה ב"שרשרת ההוויה הגדולה" (scala naturae), כלומר ההשקפה שהעולם מהווה שרשרת ארוכה של דברים קטנים כגדולים, אשר מעמדם בהיררכיה הגדולה של היישים בעולם נקבע לאור מידת קירבתם לאלוהים. ההשקפה המקובלת הייתה ש"תיאטרון העולם" (Theatrum Mundi) נוצר על ידי הבורא להיות בבחינת ראי ומראה לתפארת קדושתו. לכן התייחסו התיאולוגים לעולם הטבע כתיאטרון רחב ממדים המאפשר להתבונן ביופי אלוהים. ז'אן קלווין (1509-1564), הרפורמטור הפרוטסטנטי, קבע לדוגמה שכל העולם ויופיו מהווים את הבמה או התיאטרון ל"תפארת אלוהים הקדושה" (Theatrum Dei Gloria).3

עם זאת, בראשית העת החדשה התחוללה תמורה מפליגה במסורת הנוצרית המקובלת ביחס לשאלה מי יכול לדבר בשם הטבע ומי הוסמך והופקד כנאמן לקרוא את מחשבת אלוהים (mens Dei) בבריאה. תמורה מרחיקת לכת זו הייתה קשורה באורח בלתי נפרד לצמיחת פילוסופיית הטבע המודרנית.4 שעה שעלתה קרנה של השיטה המדעית הניסויית והמתמטית, התיאולוגיה הסכולסטית וכתבי הקודש כמקור לסמכות ביחס לעולם התופעות של הטבע איבדו את מעמדם המסורתי כמדריכים העיקריים, אם לא הבלעדיים, להבנת הטבע. במסתו "מהי נאורות?" (1784), כתב עמנואל קאנט ש"הנאורות היא היחלצות המין האנושי מחוסר בגרותו שהוא עצמו אשם בה. חוסר בגרות פירושה שאדם איננו מסוגל להשתמש בתבונתו שלו ללא הדרכת אדם אחר".5 במקביל, ניתן לומר שהפילוסופיה החדשה של המדע צמחה עם שחרורה מהתיאולוגיה. כמו כן, ניתן לטעון שבמרחב הגדול של ההיסטוריה של הרעיונות, התפתחות המחשבה המדעית המודרנית הותנתה במידה רבה בהסרת הכתר מראש התיאולוגיה כמלכת המדעים. בדרך זו הגדיר קאנט תמורה מרחיקת לכת זו:

היו זמנים שבהם המטפיזיקה כונתה מלכת כל המדעים, ואכן היא הייתה זכאית לתואר מכובד זה בשל הנושא החשוב ביותר שבו היא עוסקת. אך בימינו, בהתאם לאופנת הדור, המלכה מגונה ומושמצת מכל עבר ועבר. וכך המַטְרוֹנִית, לאחר הדחתה וגירושה, קוננה כמו הקובה [אשתו של פריאם מלך טרויה]: "הייתי הכי גדולה מבחינת מוצאי והולדתי, אך עכשיו אני מגורשת חסרת כוח" (אובידיוס, מטמורפוזות, 13: 508-510).6

ברם, במאות ה-16 וה-17 הופיע מתחרה חדש שטען לסמכות ולגיטימציה לדבר בשם הטבע - המדע החדש. תופעה זו ניכרת בבירור בעבודותיהם של שלושת מבשרי המחשבה המדעית המודרנית: ניקולאוס קופרניקוס (Copernicus, 1473-1543), יוהאנס קפלר (Kepler, 1571-1630) וגלילאו גליליי (Galilei, 1564-1642).

הפרק השני דן בתרומתם המכרעת של שלושת מבשרי המדע החדש להתפתחות המדע המודרני. כאשר הם מודרכים על ידי הפער ההולך ומתחוור בין תגליותיהם האסטרונומיות לבין מחשבת הפילוסופיה הסכולסטית המסורתית, השלושה עיצבו מושגים מדעיים חדשים והגדירו את יחסיהם לתיאולוגיה.7 על מנת לבסס את מדע האסטרונומיה על יסודות חדשים הם טענו שכתבי הקודש כלל לא התכוונו לתאר את תופעות העולם. מכאן שלתיאולוגיה אין כל תפקיד בהערכת טיעונים אסטרונומיים, כגון התפיסה ההליוצנטרית של קופרניקוס. חלוצים אלה של המדע המודרני סירבו להעניק כל קדימות לשיקולים תיאולוגיים בהסבר ופירוש של תופעות אסטרונומיות. הם טענו שמדע האסטרונומיה לא צריך להיות מוגדר כ"שפחת התיאולוגיה", אלא כמדע שבידו הסמכות לדבר בשם הטבע. הם כולם הודו שככל שדנים בעניינים אלוהיים, התיאולוגיה היא אכן עליונה ביחס לשאר המדעים בהסבירה את ענייני הגאולה והישועה של בני האדם. אולם ביחס לתופעות הטבע, מעמדה המסורתי שוב אינו מובטח לאור התגליות האסטרונומיות החדשות. תיאולוגיה עוסקת בעניינים טרנסצנדנטיים, שעה שהמדע עוסק בעניינים ארציים; הראשונה עניינה גאולה, ואילו השני, הסברת הטבע.

עליית הפילוסופיה החדשה של הטבע הייתה שלובה הדוקות עם הפילוסופיה של הרנסנס והרפורמציה הפרוטסטנטית. המושג "הפילוסופיה של הרנסנס" מתייחס "לפעילות הפילוסופית שהייתה קיימת בעולם שבו הלטינית שימשה כשפה התרבותית מהעידן של אוקם [William Ockham, 1280-1349] ועד לשינויים שעשו בייקון [Francis Bacon, 1561-1626], דקרט ובני דורם".8 אחד הציונים הבולטים של הפילוסופיה של הרנסנס היה "העניין הגדל והולך שנבע ממציאותם של טקסטים חדשים, במקורות ראשוניים של המחשבה היוונית והרומית, אשר לא היו ידועים קודם לכן, או ידועים בחלקם ונקראו רק בידי מעטים".9 במקביל לחידוש הלימודים והמחקר, בדור זה התחוללה מהפכת הדפוס, גילוי העולם החדש, הרפורמציה הפרוטסטנטית והקתולית ועליית הפילוסופיה החדשה של הטבע, או צמיחת פילוסופיית הטבע המודרנית. האסטרונומיה החדשה של קופרניקוס, קפלר וגלילאו הייתה חלק מהפילוסופיה של הרנסנס, אשר "הייתה עדה למגוון של פילוסופיות 'חדשות' - 'חדשות במובן שהן 'לא היו אריסטוטליות'" - אשר "הציבו אתגר לסכולסטיקה" ו"לנצרות האורתודוקסית".10 מטרת הפילוסופים של הרנסנס - כמו למשל ניקולס איש קוזה (Cusa, 1401-1464), הפילוסוף הראשון של הרנסנס, מרסיליו פיצ'ינו (Ficino, 1433-1499), ג'ובאני פיקו דלה מירנדולה (Mirandola, 1463-1494) ואחרים - הייתה לשנות את המסורות הסכולסטית שהיו מושרשות בימי הביניים והחזיקו בתפיסת עליונותן בהסבר של הטבע. פן זה, שהיווה תנאי לצמיחת מדע חדש בראשית העת החדשה, הוא חשוב ביותר להבנת הרנסנס. לדוגמה, הטכניקה החדשה של האלכימיה - המדע השחור - שצמחה בשלהי הרנסנס הייתה מבוססת על ההשקפה ש"אלוהים מתגלה לא רק בשמיים, אלא בכל המציאות הארצית". מכאן "שאפשר לגלות את האלוהי בעולם החומר".11 אין תמה ש"תיאולוגים" האשימו את "הפילוסופיות החדשות שהן שואפות להפוך את הפילוסופיה ליריב ולא לשפחת התיאולוגיה".12

הרפורמציה הפרוטסטנטית תרמה אף היא לצמיחת פילוסופיה חדשה של הטבע בעזרת מושג הריבונות הקיצונית של אלוהים, כלומר ההשקפה ש"ריבונות אלוהים לא מאפשרת כל מעורבות של יצורים נחותים בפעולתו". במהלך ימי הביניים, יצר תומס אקווינס (Aquinas, 1224-1274) סינתזה מפוארת של פילוסופיית הטבע של אריסטו והתיאולוגיה הנוצרית. הוא פירש את "העקרונות האריסטוטליים המושרשים בטבע ככוחות שהוחדרו אליו על ידי אלוהים, שבהם הוא משתמש במסגרת פעולות ההשגחה האלוהית". כתוצאה מכך, "אלוהים משתף פעולה", לדעתו, "עם כוחות טבעיים בדרך המכבדת את כוחם, שעה שהוא מגשים את מטרותיו".13 בניגוד להשקפה ימי ביניימית זו בדבר שיתוף הפעולה בין האלוהי וכוחות הטבע, וכן בניגוד לעמדה היוונית־רומית של "אלוהים או טבע" (deus sive natura), כפי שניסח אותה שפינוזה - אלוהים הנתפס כטבע פעיל בפעולה, הגדל ומשתנה (Natura naturans), ולא כאלוהים פסיבי וקבוע (Natura naturata) - בראשית העת החדשה חלה תמורה חשובה. מכיוון ש"אנשי הרפורמציה האמינו שהסבר הולם של ריבונות אלוהים מחייב סילוק כל תרומה להשגחה האלוהית מצד בני האדם או הטבע", ומכיוון שביקשו להגן על תפארת אלוהים ולא להפוך את מפעלותיו למותנים בפעולות של היצורים הברואים, הם "אימצו את התפיסה של ריבונות אלוהית מוחלטת, בניגוד לתפיסה של ימי הביניים המדברת על ריבונות משולבת, או שילוב פעולה" בין אלוהים וברואיו.14 הנחה זו הייתה תנאי הכרחי להתפתחות המדע הניסויי: "על העולם היה לעבור תהליך של דה־מיתולוגיזציה, או של הסרת הקסם, מ'הקדושה החבויה בו'". בסופו של דבר, הדת הפרוטסטנטית סילקה מהטבע כל כוחות ותכליות פנימיות זולת אלה של יד אלוהים, וכתוצאה מכך "אילפה את הטבע לחקירה [מדעית]".15

צמיחת הפילוסופיה החדשה של הטבע מתוארת בהיסטוריה ובהיסטוריוגרפיה של ראשית התקופה המודרנית במונחים של התקדמות וקידמה. רק מחקרים ספורים עסקו במגוון הנרחב והמסועף של התגובות השליליות להתפתחות המחשבה המדעית החדשה, לפחדים לחששות שהיא עוררה, במיוחד בתחומי הדת.

הפרק השלישי עוסק בג'ון דאן (Donne, 1572-1631) אשר היה בין הראשונים שחשפו את "פני יאנוס" של המדע החדש, את הסכנות והאיומים שהציבה הפילוסופיה החדשה של הטבע ביחס לאופני מחשבה ואמונה דתיים מסורתיים. המשורר המטפיזי אומנם הושפע רבות מהגילויים של קפלר וגלילאו, אך הוא קונן על כך שהאסטרונומיה והקוסמולוגיה החדשה, "הפיזיקה החדשה של השמיים" (Physica Coelestis), אשר דחתה את ההשקפה של יקום מוגבל וטלאולוגיה אנתרופוצנטרית (הבנת העולם לאור גורל ומטרת האדם), "פוגעת בכל [האמונות] המסורתיות, ומביאה לספקות וחרדות". בהתייחסו למהפכה הקופרניקאית, אשר בה השמש ניצבת במרכז היקום, דאן כתב ש"תנועת הארץ מביאה לנזקים ופחדים". באופן הזה הוא סיפק רמז חשוב ביחס להשפעות הבעייתיות של הפילוסופיה החדשה של הטבע על הדמיון האנושי, במיוחד ביחס להגדרה והעיצוב המסורתיים של זהות דתית בראשית העת החדשה.

התפנית האינטלקטואלית החשובה אשר התרחשה בראשית העת החדשה הובילה להסרת הקסם מהעולם. הממד המיסטי נשלל מהטבע והבריאה רוקנה מכל משמעות תיאולוגית או טלאולוגית. התגובה לתמורה מרחיקת לכת זו משתקפת בעיקר בהגותו של בְּלֶז פסקל (Pascal, 1623-1662), אשר לגביו הפילוסופיה החדשה של הטבע, במיוחד הפילוסופיה המכניסטית של רנה דקרט (1596-1650), אישרה את מגמת החלשת הדת.

הפרק הרביעי חושף את הבלבול הרב וההשתאות העמוקה שבהם התבונן פסקל בהתפתחות מדע הטבע התבוני, אשר איים להרוס את כל דימוי העולם (imago mundi) המקובל והמסורתי של ימי הביניים. מחשבת פסקל משקפת לא רק את הפחדים והדאגות, אלא גם את היחסים המורכבים והמתחים המתפתחים בין דת למדע בעת החדשה המוקדמת, כפי שניתן לראות בספרו אפולוגיה על הדת הנוצרית (Apologie de la religion Chrétienne), הידוע יותר בשמו מחשבות (Pensées),16 אשר בו גינה בין השאר את הפילוסופיה הקרטזיאנית. מחשבת פסקל משקפת בחדות את ההשלכות המפחידות של המדע החדש של הטבע על הגדרות ועיצובים מסורתיים של זהויות דתיות בראשית התקופה המודרנית. בדומה לדאן, גם פסקל חשף את "פני יאנוס" של המדע הטבע החדש, או את הסכנות והאיומים שהפילוסופיה החדשה של הטבע הציבה בפני אופני, ערכי ודפוסי מחשבה ואמונה דתיים מסורתיים.

בדומה לפילוסופיות החדשות של קופרניקוס, קפלר, גלילאו, בייקון ודקרט, אשר שינו את המחשבה והאמונה הנוצרית המסורתית, רבים ראו גם בפילוסופיה הניסויית המכניסטית של ניוטון כמי שמאיימת על יסודות הדת והמידה הטובה הנוצרית. הפרק החמישי חושף כי מאמינים אורתודוקסים רבים אלה דחו בתוקף את צמצום הטבע למתמטיקה, כשם שעשה ניוטון שעה שהכפיף את האינסופי לחישוביות וקבע שכל תופעות הטבע ניתנות לצמצום לתנועה ולחוקיה הכלליים של הפילוסופיה הניסויית והמכניסטית שלו. בפחד ודאגה הם ראו שהשקפת ניוטון מובילה לכפירה, כגון אריאניזם (Arianism)17 וסוציאניזם (Socinianism)18 ששללו את האלוהות של ישו. אין תמה שלגבי רבים באנגליה, הפילוסופיה הטבעית של ניוטון גילתה דווקא את "פני יאנוס" של המדע והציבה אתגרים מאיימים ומסוכנים ביותר להגדרות ועיצובים מסורתיים של זהויות נוצריות.

הסיבה לכך היא שספרו של ניוטון, העקרונות המתמטיים של פילוסופיית הטבע (Philosophiæ Naturalis Principia Mathematica, 1687), המשיך את עבודותיו של גלילאו והביא להשלמתן: הוא שאף לצמצם את תופעות הטבע לחוקים כלליים ולגזור אותם מעקרונות מתמטיים. בדומה לגלילאו, גם ניוטון סבר שלולא המתמטיקה יוותר הטבע כספר חתום. מתמטיקה הייתה המפתח להבנת הטבע המהותי של המציאות וליציאה ממבוך הטבע. עם זאת, מאמינים אורתודוקסים רבים התנגדו למתמטיזציה של הטבע. עבורם, החיפוש של ניוטון אחר "העקרונות המתמטיים של פילוסופיית הטבע" סימן לא רק את הסרת הקסם והקדושה מהטבע, אלא זאת ששיקולים מתמטיים תפסו את מקומם של שיקולים תיאולוגיים ביחס למהות מבנה העולם. הוא הדין גם ביחס למושג "אלוהים השליט" (Dominus Deus) של ניוטון, או תפיסתו בדבר אלוהים מכניסטי "המצטיין במיוחד במכניקה ובגיאומטריה", המנוגדת לכתבי הקודש והכנסייה.

המדע של ניוטון, בדומה לזה של קופרניקוס ומבשרים אחרים של המדע החדש בראשית העת החדשה, עורר דאגות עמוקות. בשאיפתו להבין את עולם התופעות במושגים של חומר, תנועה וכוח, לא רק שמדע זה הסביר את העולם במונחים מתמטיים ומכניסטיים, אלא שהוא אף שלל שורת מושגים מקודשים בנצרות, כגון השילוש הקדוש, האלוהות של ישו והיחס הדתי המסורתי של האלוהים לעולם הנברא. רבים האמינו שניוטון וממשיכיו, כגון התיאולוגים והפילוסופים סמואל קלארק Clarke, 1675-1729)) וויליאם ויסטון (Whiston, 1667-1752), סיכנו מסורות מחשבה ואמונה דתיות מסורתיות. המדע של ניוטון התגלה ככוח אינטלקטואלי רב־עוצמה, אשר בכוחו לשבש ולשנות מסורות מחשבה ואמונה דתיות מקובלות בשל נטייתו הקיצונית והבלתי מתפשרת להסבר רציונליסטי של הטבע הנתפס כמארג של יחסי גומלין חומריים וכמי שפועל לאור יחסי מרחב־זמן המותנים מבחינה מתמטית.

מהמחצית השנייה של המאה ה-17 ועד לסופה של המאה ה-18 התחוללה בנצרות המערבית תמורה אינטלקטואלית מעמיקה: היא עברה תהליך ארוך של בחינות עצמיות חשובות ביחס ליסודותיה הרעיוניים - דת ומדע, חברה ופוליטיקה, מוסר ומנהגים, מגדר וגזע, כלכלה ושוק, חינוך וילדות, פשע ועונש. הערכה מחודשת זו ציינה את הסרת הקסם מהעולם וראשית העידן המודרני כפי שאנו מכירים אותו כיום. תמורות חשובות אלו נידונות בפרק השישי. "עידן ההשכלה" מבשר את החלפת הדת על ידי התבונה כסוכנת העיקרית לרכישת "אמיתות אובייקטיביות" ביחס לעולם. העליונות והראשוניות של התגלות אלוהית הותקפו: "תפקיד התבונה התעצם, זה של ההתגלות [אלוהית] דוכא. כתבי הקודש הפכו נושא לחקירה מקיפה ולרוב לא אוהדת. למעשי ניסים התייחסו בספק. הנבואה עברה הערכה מחדש. המחשבה הנוצרית ניצבה אל מול איום אשר היה בכוחו להפשיטה מכל סגולתה וסמכותה".19

במקום לאמץ השקפות דתיות מסורתיות ללא כל פקפוק או לקבל ללא ביקורת את ערכי הסמכות הממוסדת, הוגי ההשכלה הדגישו את תפקיד השכל ואת כוח התבונה. בדרך זו הם הובילו לביטול עמדות מוסריות ודתיות שהיו נהוגות ומקובלות מאות שנים. "כשם שהעולם הפך לנושא של מחקר מדעי במאות ה-16 וה-17 באמצעות התהליך של הסרת הקדושה, כך גם מנהגים דתיים עברו דה־מיסטיפיקציה באמצעות חוקי הטבע". בשעה "שהעולם הפיזיקלי חדל להיות הבמה שעליה מתחוללת הדרמה של הבריאה באמצעות ההכוונה הקבועה של ההשגחה האלוהית", כך גם נדמה היה יותר ויותר שגיוון הניסיון האנושי הוא תוצר של תהליכים טבעיים והיסטוריים ולא של פעולת אלוהים. מחשבה ואמונה דתית, אשר נחשבו כבסיס היחיד והבלעדי לניסיון ולציפיות האנושיים, הורחקו אט־אט מתחום הטבע, הפוליטיקה, המוסר וההיסטוריה.

"עידן ההשכלה" מבשר את החלפת הדת על ידי התבונה כסוכנת העיקרית לרכישת "אמיתות אובייקטיביות" ביחס לעולם. העליונות והראשוניות של התגלות אלוהית הותקפו: "תפקיד התבונה התעצם, זה של ההתגלות [אלוהית] דוכא. כתבי הקודש הפכו נושא לחקירה מקיפה ולרוב לא אוהדת. למעשי ניסים התייחסו בספק. הנבואה עברה הערכה מחדש. המחשבה הנוצרית ניצבה אל מול איום אשר היה בכוחו להפשיטה מכל סגולתה וסמכותה".20