נולדה בטוקיו בשנת 1958. היא למדה מדעי הטבע וקיבלה תואר פרופסור לביולוגיה. בשנת 1994 פרסמה את ספרה הראשון. ספריה זכו בפרסים רבים ובהם פרס אקוטגאווה, איטוסיי, פרס ספרותי לנשים יוצרות, פרס משרד החינוך היפני ופרס טניזאקי, שבעקבותיו זכתה קוואקמי להכרה כאחת הסופרות היפניות הנקראות ביותר. הרומן שמים כחולים, אדמה לבנה (2004), ספרה הראשון הרואה אור בעברית, זכה בפרס טניזאקי ועובד לקולנוע בהצלחה רבה.