בשנים 1946 - 1951 למד פיזיקה, מתמטיקה ופילוסופיה באוניברסיטה העברית בירושלים, ובשנת 1952 קיבל תואר מוסמך בפיזיקה. בשנים 1952 - 1956 למד לדוקטורט בבית הספר לכלכלה של לונדון בהנחיית הפילוסוף של המדע קרל פופר.

אגסי רואה עצמו כתלמידם של סוקרטס ואפלטון תחילה, ולאחר מכן כתלמידו, ממשיכו ומבקרו של פופר. הוא ניסה לחדד את דעותיו תוך הוספת שינויים קלים.