הספר שאיתו מזוהה הרמ"ק הוא פרדס רימונים, המבאר את שיטתו בקבלה. בספרו זה מביא הרמ"ק גם תמצות משיטות הקבלה של הראשונים, דן בהן ומכריע ביניהן. כמו כן חיבר הרמ"ק פירוש לספר הזוהר ולספר יצירה בשם "אור יקר". כמו כן, הרמ"ק חיבר ספר מוסר בשם "תומר דבורה" המיוסד על י"ג מידות ההנהגה.