רנן עבד בשקידה והיה כותב פורה ביותר. בגיל שישים, לאחר השלמתו של פרויקט מונומנטלי אחד (היסטוריה של הנצרות בשמונה כרכים), הוא המשיך למשימה כבדה לא פחות - כתיבת ההיסטוריה של עם ישראל. חמישה כרכים של חיבור זה ראו אור, השניים האחרונים מביניהם לאחר מותו של רנן. חיבור היסטורי זה אינו נקי מטעויות אולם חשיבותו העיקרית היא בעיסוקו בהתפתחות של הרעיון הדתי היהודי. בשנותיו האחרונות זכה רנן לכיבודים רבים, כולל אות לגיון הכבוד. ב-1892 נפטר לאחר מחלה ממנה סבל מספר שנים. הוא נקבר בבית הקברות של מונמארטר. לאחר מותו ראו אור, פרט לשני הכרכים האחרונים בהיסטוריה של עם ישראל, גם אסופת מכתביו לאחותו הנרייט, מכתביו לחברו ברתלו וספר על מדיניותו של פיליפ היפה בענייני דת.