מ-1980 ועד 1985 היה ממקימי המכון למחקרים אסטרטגיים באוניברסיטת תל אביב וחוקר בכיר במכון ובמקביל הרצה על אסטרטגיה ועיצוב מדיניות בחוג למדיניות ציבורית באוניברסיטת תל אביב. ב-1985-1986 היה חוקר בכיר אורח במכון לקבלת החלטות ('Decision Research') ביוג'ין אורגון ובשנים 1986-1987 – חוקר בכיר במכון ון-ליר בירושלים.‏

ב-1994 ייסד את חברת 'פרקסיס' כחברה עסקית לתועלת הציבור ובמסגרת זו ממשיך את מחקריו במקביל לביצוע פרויקטים בתחומים מגוונים בסקטור הציבורי, העסקי והחברתי ובהדרכה של תהליכי חשיבה וניהול שילוביים. במסגרת זאת, עיצב את מתודולוגיית העבודה של מכון ראות. בשנות ה-2000 היה לניר שותף במכון לחקר תורת המערכה (מלת"ם) שהובל על ידי שמעון נוה ודב תמרי. סביר להניח כי תרומתו של לניר מצויה בעלייתו של רעיון ההמשגה (conceptualization) בשיח הצבאי בצה"ל בשנים אלו, ככלי מרכזי בייצור של רלוונטיות אופרטיבית.