בשורש נשמתו מציע אהוד נהיר מפתח פילוסופי חדש להבנת מחשבתו הדתית של הרב קוק. בספרו חושף נהיר את הזיקה הסמויה בין משנתו של שפינוזה – אתאיסט, רציונליסט, איש המאה ה־17 – להגותו של הרב קוק – הוגה דעות ופוסק הלכה, מגדולי רבני ארץ ישראל ומאבות הציונות הדתית. נהיר מתחקה בספרו אחר החיבור העמוק שחש הרב קוק כלפי שפינוזה ומראה כיצד היה הרב קוק, אם לנקוט בלשון קבלית, משורש נשמתו של שפינוזה.