כתב היד מציג מסע היסטורי רחב העוסק במלחמת העולם השנייה ובשואה, תוך שילוב בין תיאור כרונולוגי של האירועים המרכזיים לבין בחינה של המשמעויות האנושיות והמוסריות שעלו מהם. מטרת החיבור היא לא רק לתאר את מהלך המלחמה והחורבן, אלא לבחון את התהליכים שהובילו אליהם, את הבחירות האנושיות בתקופה קיצונית זו ואת דרכי ההתמודדות של בני אדם מול רוע, סבל ואובדן.
הספר מחולק לשלושה חלקים מרכזיים.
החלק הראשון עוסק במהלך ההיסטורי של המלחמה. הוא פותח ברקע שקדם למלחמת העולם השנייה, כולל ההתפתחויות במזרח אסיה, יחסי יפן וסין והשלכות מלחמת העולם הראשונה, וממשיך דרך התרחבות העימות באירופה ובעולם ועד לסיום המלחמה. החלק מתאר את האירועים המרכזיים ואת השינויים המדיניים והצבאיים שהשפיעו על מיליוני בני אדם, תוך התייחסות להתפתחויות שהובילו את העולם אל אחת התקופות הקשות בתולדותיו.
החלק השני עוסק בזירות ובתהליכים שפעלו לעיתים מתחת לפני השטח של המלחמה הגדולה: מלחמות אזרחים ועימותים פנימיים, קרבות ימיים ואוויריים, מבצעי קומנדו ומודיעין, פעילות של מרגלים, תעמולה וצנזורה, ועידות בינלאומיות ותהליכי השיקום שלאחר המלחמה, בהם תוכנית מרשל. חלק זה מבקש להציג את המלחמה לא רק דרך הקרבות הגדולים, אלא גם דרך המאבקים האנושיים, הפוליטיים והחברתיים שהתרחשו במקביל.
החלק השלישי עוסק בשואה ובתהליך השמדת יהודי אירופה. פרקים מיוחדים מוקדשים לגטאות מרכזיים ובהם ורשה, טרזיינשטט, לודז', מינסק, קובנה, וילנה, ביאליסטוק, ריגה, קרקוב ובודפשט. הספר מתאר את התפתחות מדיניות הרדיפה וההשמדה – החל מתוכנית האותנסיה, דרך רצח בירי המוני בבורות, ועד להקמת מחנות ההשמדה ותהליך הרצח התעשייתי, תוך התייחסות למחנות ההשמדה המרכזיים ולמערכת מחנות הריכוז והעבודה.
פרקים נוספים עוסקים במערכת הנאצית ובאנשים שפעלו בתוכה – מהנהגת המשטר ועד לדרגים שביצעו את הפשעים בשטח – וכן ברפואה הנאצית, בניסויים בבני אדם ובשימוש במדע לצורכי דיכוי והשמדה.
לצד תיאור מנגנון הרדיפה וההשמדה, כתב היד נותן מקום גם לסיפורי התנגדות, הצלה ועמידה אנושית: חסידי אומות העולם, בהם אירנה סנדלר ואחרים, פעולות הצלה, בריחות של יהודים יחידים, וכן גילויי גבורה יהודית בתנאים של חורבן.
לאורך הספר משולבות שאלות מוסריות הנוגעות לתקופה: כיצד חברה מתדרדרת לתהליך של רצח המוני, כיצד תעמולה ושנאה משפיעות על בני אדם, משמעותה של שתיקת העולם, המחיר של אדישות ונוחות מול עוול, וההתמודדות עם שאלות קשות הנוגעות למלחמה ולהרס של אוכלוסיות אזרחיות.
הספר עוסק גם בשאלת ייחודה של השואה בתוך ההיסטוריה של רציחות עם, ובוחן את המתח שבין התקדמות מדעית וטכנולוגית לבין שימוש בה לצורכי הרס, דרך דמויות כגון ורנר פון בראון ופריץ הבר. לצד זאת הוא מדגיש את כוחו של האדם לשמור על צלם אנוש בתוך מציאות בלתי אפשרית, ואת יכולתם של ניצולים ושל החברה לאחר המלחמה לקום מחדש מתוך השבר.
השנים המרכזיות שבהן עוסק כתב היד הן בעיקר 1914–1945, עם התייחסות לתהליכים שקדמו למלחמת העולם השנייה ולהשלכותיה לאחר סיום המלחמה